جوجه کشی ها و مرغداری های صنعتی  مراکز صنعتی هستند که با استفاده از انکوباتور و با کنترل دما و رطوبت محیط، تخم های حاوی نطفه که توسط مرغ های تخم گذار تولید شده است را در یک فرآیند مصنوعی به جوجه تبدیل می‌کند.
بهداشت و عدم آلودگی فضای کارخانه‌های جوجه کشی باعث افزایش راندمان تولید جوجه می‌شود از این رو بسیاری از جوجه کشی ها در فاصله زیادی از واحد‌های مرغداری قرار دارند تا خطرات انتقال آلودگی‌ها را به حداقل برسانند.

منابع تولید فاضلاب در جوجه کشی ها

• فاضلاب فرآیندی حاصل از شستشوی سبد های نگهداری تخم مرغ در هجرو ستر ، تلفات ناشی از شکسته شدن تخم مرغ ها یا معدوم شدن تخم مرغ های نابارور
• فاضلاب شستشو ناشی از شستشوی واحدها، سالن‌ها و تجهیزات در پایان دوره جوجه‌ریزی و فاضلاب ناشی از ضد عفونی کردن سالن‌ها که به صورت دوره ای انجام می‌شود و حاوی مواد شوینده و ضد عفونی کننده می باشد.
• فاضلاب بهداشتی
• فاضلاب تولید شده در استحمام و شستشوی لباس
• فاضلاب ناشی از آشپزخانه

کلیه فاضلاب های ایجاد شده در جوجه کشی از طریق منهول‌ها و عبور از آشغال گیر‌ها و جدا شدن پوسته‌های تخم مرغی که ناخواسته وارد فاضلاب شده اند وارد سیستم تصفیه خانه می‌شود.
از نکات مهم و حائز اهمیت در تصفیه فاضلاب جوجه کشی وجود آلبومین موجود در تخم مرغ با محتوای نیتروژن و فسفر بالا است که نیاز به روش های مدرن و کارامد به منظور تصفیه کامل و حذف نیتروژن و فسفر مازاد می باشد حذف پسماند های تولید شده و انتقال آن ها به واحد پخت ضایعات و جلوگیری از ورود این پسماندها به تصفیه خانه بسیار وابسته به نحوه عملکرد کارکنان خط تولید است.